Si bien los archivos de configuración y similares no debería realizar más acciones que setear el valor de alguna variables, nunca está de más agregar un poco de seguridad extra y asegurarse que no sean llamados directamente desde la barra de urls del navegador.

Para esto recurriremos a un sencillo truco: uaremos la función get_included_files que entrega un arreglo con todos los archivos que han sido incluidos, si nuestro script es el primero entonces el arreglo tendrá solamente un elemento (nuestro archivo), en cuyo caso simularemos un error 404 ( File Not Found )

<?php

if ( count( get_included_files() ) == 1 )
{
   http_response_code(404);
   die;
}

// instrucciones....